《数码兽BEATBREAK》的故事发生在紧邻东京湾、满是街头音乐氛围的新兴街区音鸣町，对声音格外敏感的高二学生久我濑汰，从小就能听见普通人感知不到的、来自次元缝隙的“数码兽心跳声”。当城市接连出现连通数码世界的“节拍裂隙”，被现实世界混杂负面情绪噪波侵染的失控数码兽不断闯入现实引发骚乱时，濑汰意外和从裂隙坠落的脉冲兽结为搭档，又偶遇能靠歌声安抚数码兽的街头少女天乃铃、带着侦察数码兽追踪裂隙真相的神秘转学生九条亘，组成专门平息数码兽失控事件的“节拍行者”小队。众人在处置事件时逐渐发现，所有裂隙的幕后推手，是曾因搭档数码兽被人类冷漠情绪消解、决心靠收集噪波打碎次元壁、让数码世界覆盖现实的前调律者空野真。主角团没有选择赶尽杀绝的对战模式，而是以承载真实喜怒哀乐的街头音乐为媒介，唤醒失控数码兽的理智，解开空野真的心结，最终摸索出人类与数码兽靠真诚情绪共鸣共存的全新路径。
