在太一等人首次冒险结束三年后，数码世界再次出现危机，新的黑暗势力开始蠢蠢欲动。由于太一、阿和等初代被选中的孩子已升入初中，无法全力投入战斗，守护两个世界的重任落到了新一代被选召的孩子身上。本宫大辅、井之上京、火田伊织以及拥有光明徽章的小光与希望徽章的阿武，组成新的队伍，与V仔兽、麻鹰兽、穿山兽等新的数码宝贝搭档，同时太一等人也以不同方式给予支持。这一次，他们不仅要面对数码凯撒的野心，还要应对更加强大的究极体敌人。在一次次战斗中，新老两代被选中的孩子携手并进，逐渐揭开数码世界更深层的秘密，最终以勇气、友情与信念守护了数码世界与人类世界的和平。
